A synthetic biology workflow is composed of data repositories that provide information about genetic parts, sequence-level design tools to compose these parts into circuits, visualization tools to depict these designs, genetic design tools to select parts to create systems, and modeling and simulation tools to evaluate alternative design choices. Data standards enable the ready exchange of information within such a workflow, allowing repositories and tools to be connected from a diversity of sources. The present paper describes one such workflow that utilizes, among others, the Synthetic Biology Open Language (SBOL) to describe genetic designs, the Systems Biology Markup Language to model these designs, and SBOL Visual to visualize these designs. We describe how a standard-enabled workflow can be used to produce types of design information, including multiple repositories and software tools exchanging information using a variety of data standards. Recently, the ACS Synthetic Biology journal has recommended the use of SBOL in their publications.

译文

:合成生物学工作流程由提供有关遗传零件信息的数据存储库,将这些零件组成电路的序列级设计工具,用于描绘这些设计的可视化工具,用于选择要创建系统的零件的遗传设计工具以及建模和仿真组成评估替代设计选择的工具。数据标准可以在这样的工作流程中随时交换信息,从而可以从各种来源连接存储库和工具。本文介绍了一种这样的工作流程,该流程除其他外,利用合成生物学开放语言(SBOL)来描述基因设计,使用系统生物学标记语言对这些设计进行建模,并利用SBOL Visual来可视化这些设计。我们描述了如何使用支持标准的工作流来产生类型的设计信息,包括多个存储库和使用各种数据标准交换信息的软件工具。最近,《 ACS合成生物学》杂志在其出版物中建议使用SBOL。

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