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Discovery of epigenetically silenced genes by methylated DNA immunoprecipitation in colon cancer cells.
通过甲基化 DNA 免疫沉淀在结肠癌细胞中发现表观遗传沉默基因。

摘要

CpG island promoter hypermethylation of tumor suppressor genes is a common hallmark of human cancer, and new large-scale epigenomic technologies might be useful in our attempts to define the complete DNA hypermethylome of tumor cells. Here, we report a functional search for hypermethylated CpG islands using the colorectal cancer cell line HCT-116, in which two major DNA methyltransferases, DNMT1 and DNMT3b, have been genetically disrupted (DKO cells). Using methylated DNA immunoprecipitation methodology in conjunction with promoter microarray analyses, we found that DKO cells experience a significant loss of hypermethylated CpG islands. Further characterization of these candidate sequences shows CpG island promoter hypermethylation and silencing of genes with potentially important roles in tumorigenesis, such as the Ras guanine nucleotide-releasing factor (RASGRF2), the apoptosis-associated basic helix-loop transcription factor (BHLHB9), and the homeobox gene (HOXD1). Hypermethylation of these genes occurs in premalignant lesions and accumulates during tumorigenesis. Thus, our results show the usefulness of DNMT genetic disruption strategies combined with methylated DNA immunoprecipitation in searching for unknown hypermethylated candidate genes in human cancer that might aid our understanding of the biology of the disease and be of potential translational use.

译文

肿瘤抑制基因的 CpG 岛启动子高甲基化是人类癌症的常见标志,新的大规模表观基因组技术可能有助于我们定义肿瘤细胞的完整 DNA 高甲基化组。在这里,我们报道了使用结直肠癌细胞系 HCT-116 对高甲基化 CpG 岛的功能搜索,其中两个主要的 DNA 甲基转移酶 DNMT1 和 DNMT3b 已经被基因破坏 (DKO 细胞)。使用甲基化 DNA 免疫沉淀方法结合启动子微阵列分析,我们发现 DKO 细胞经历了高度甲基化 CpG 岛的显著丢失。这些候选序列的进一步表征表明,CpG 岛启动子高甲基化和沉默的基因在肿瘤发生中起着潜在的重要作用,如 Ras 鸟嘌呤核苷酸释放因子 (RASGRF2), 凋亡相关的碱性螺旋环转录因子 (BHLHB9) 和同源框基因 (HOXD1)。这些基因的高甲基化发生在癌前病变中,并在肿瘤发生过程中积累。因此, 我们的研究结果显示了 DNMT 基因破坏策略结合甲基化 DNA 免疫沉淀在寻找人类癌症中未知的高甲基化候选基因的有效性,这可能有助于我们对疾病生物学的理解,并具有潜力。翻译使用。

Immunoprecipitation

肿瘤 蛋白纯化 实验技术
概述  :  

经典的免疫沉淀是可溶性抗原与其抗体产生可见沉淀反应的血清学实验。经发展后,现在免疫沉淀是指利用抗体特异性反应纯化富集目的蛋白的一种方法,抗原抗体结合后,用固相的蛋白A或者蛋白G(protein A/G)吸附分离抗原抗体复合物,达到分离或微量检测抗原的目的。该方法是研究两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法,这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合,也可以用于确定与特定蛋白质存在相互作用的其他蛋白,已经成为研究蛋白质相互作用的经典方法。原理免疫沉淀一般指采用固定在固相支持物上的结

Immunoprecipitation   /'imjunəupri,sipi'teiʃən/

       n. 免疫沉淀反应

       The tyrosine phosphorylation of NR2B was analyzed by immunoprecipitation and immunoblot assay.  NR2B酪氨酸磷酸化通过免疫沉淀和免疫印渍分析。

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