肿瘤
词汇介绍
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解析
International 英 /ˌɪntəˈnæʃnəl/ 美 /ˌɪntərˈnæʃnəl/
释 义 adj. 国际的;国际通用的
n. 国际体育比赛(选手);外国人
n. (International) 共产国际(组织)
同根词 internationally adv. 国际性地;在国际间
internationalization n. 国际化
internationale n. 国际歌;共产国际歌
internationalist n. 国际主义者;国际法学家
internationality n. 国际性;
internationalise vt. 使国际化;
internationalize vt.使国际化;置于国际管理下
例 句 The conference will make further efforts to enlist the support of the international community for their just struggle. 会议必将进一步动员国际社会,支持他们的正义斗争。
Genome 英 /ˈdʒiːnəʊm/ 美 /ˈdʒiːnoʊm/
释 义 n. 基因组;染色体组
例 句 They lie outside the nucleus that houses the main human genome, and because there may be hundreds of them in each cell, their DNA is particularly easy to detect. 它们位于人类基因组的核心之外,由于在每个细胞内它们的存在都数以百千计,因此它们的DNA就特别容易被检测到。
Consortium 英 /kənˈsɔːtiəm/ 美 /kənˈsɔːrtiəm/
释 义 n. 财团;联合;合伙
例 句 But the deal is controversial because the plant’s boilers will be provided by Hitachi Power Africa, a consortium in which Chancellor House has a 25% stake. 但这笔交易存在争议,因为电站锅炉将由日立非洲电力公司(Hitachi Power Africa)提供,该财团由英国财政大臣豪斯(Chancellor House)持有25%的股份。
概述
概述
ICGC全称是International Cancer Genome Consortium (国际癌症基因组联合体)。其旨在发起和协调大量的研究项目,其共同目标是全面阐明导致全球人类疾病负担的多种癌症中存在的基因组变化。ICGC的主要目标是在全球范围内具有临床和社会重要性的50种不同癌症类型和/或亚型的肿瘤中生成全面的基因组异常(体细胞突变,基因异常表达,表观遗传修饰)目录数据,尽可能快地向整个研究团体提供数据,并且以最小的限制,加速研究癌症的成因和控制。
ICGC促进了成员之间的沟通,并为广大科研人员提供了一个平台,达成治疗和预防这些疾病的最大化目标。该网站的网址是https://icgc.org/,主页面如下:
功能操作
搜索https://dcc.icgc.org/,可以看到如下图的界面。
最直接的就是搜索功能,在搜索框输入你感兴趣的基因,例如BRAF。然后,数据库就会给你一系列与该基因相关的信息。Cancer Project:点开Cancer Project,所有已经donor的与癌症的相关基因都会展示。右边的bar有详细的分别(器官,国家,数据类型,癌症类型)。
Advanced Search:高级搜索,基本上就是基本搜索的高级版本,让你可以搜小范围找到你需要的目标基因。可以详细的选择,该基因的类别(蛋白质,miRNA,rRNA等),Pathway(你可以给出具体的通路),具体的target compounds,Gene Ontology (GO的类别BP,CC,MF),具体的位点(在哪个染色体哪个位置上),等不同的条件。
DCC DATA RELEASES:所有目前已经公开的数据。Data analysis:数据分析,该数据库也提供一些基本的数据分析,你可以选择一些存储在该数据库的数据,进行一些简单的数据分析。其他的一些检索和信息使用可以根据网站提示完成。
ICGC和TCGA的关系
ICGC这个作为TCGA的孪生数据库,在文章中经常和TCGA同时出现,相互验证。两者的区别一个是国际的,一个是美国的。ICGC数据库是个国际肿瘤基因组协作组,是一个全球性的合作数据库,包含的样本是来自不同国家和地区;TCGA数据库是美国国立癌症研究所的数据库,只有来自美国的样本。
在生信研究时,ICGC数据库经常作为研究验证,比如TCGA数据库胃癌的研究,很多时候我们希望对结果做验证,也许是审稿人需要我们对结果做验证,这个时候我们涉及实验来对研究结果做验证,也可以考虑用ICGC数据库做验证。
The repertoire of mutational signatures in human cancer复制标题
人类癌症的突变特征库
发表时间:2020-02-05
影响指数:43.1
作者: Ludmil B. Alexandrov
期刊:Nature
Somatic mutations in cancer genomes are caused by multiple mutational processes, each of which generates a characteristic mutational signature. Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA), we characterized mutational signatures using 84,729,690 somatic mutations from 4,645 whole-genome and 19,184 exome sequences that encompass most types of cancer.
译文