cBioPortal 

释    义   n. 网站名称

例    句   The cBioPortal for Cancer Genomics (http://cbioportal.org) provides a Web resource for exploring, visualizing, and analyzing multidimensional cancer genomics data. cBioPortal网站（http://cbioportal.org）为探索、可视化和分析多维癌症基因组学数据提供了一个网络资源。

Cancer   英 /ˈkænsə(r)/   美 /ˈkænsər/

释    义   n. 癌症；恶性肿瘤

同根词   cancerous adj. 癌的；生癌的；像癌的

例    句   His research in cancer that spanned 15 years has made considerable headway in the end. 他对癌症历时15年的研究，终于取得了极大的进展。

Genomics   英 /dʒiˈnɒmɪks/   美 /dʒiˈnɑːmɪks/

释    义   n. 基因组学；基因体学

例    句   The more that genomics, bioinformatics and many other newer disciplines reveal about life, the more obvious it becomes that our present understanding is not up to the job. 基因组学、生物信息学和许多其他新学科揭示的生命奥秘越多，我们目前的认识，不足以胜任这一工作就变得越明显。

概述

随着越来越多的癌症基因组数据出现，这使得这些数据的整合，探索和分析越来越具有挑战性，尤其是对于没有计算机背景知识的科学家来说。cBioPortal是专门设计来降低对这些复杂数据的接近门槛，促进基因组数据向新的生物学视野，治疗和临床特征的转变。

cBioPortal（http://www.cbioportal.org/）由Memorial Sloan Kettering Cancer Center （MSK）开发，是基于TCGA数据库开发的一款集数据挖掘、数据整合及可视化等多功能于一体的综合性开放网络平台。这个网站，促进多维度癌症基因集数据的探索，可以允许跨gene，样本和数据类型的可视化分析。用户可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式，并比较点多癌症研究中gene改变频率，或者在一个个体肿瘤样本中总结概括所有的相关的基因组改变。

这个网站也支持生物通路探索，生存分析，基因改变间的相互独特性分析，可选择性的数据下载，编程接口和可以用于发表的可视化总结。整合进cBioPortal的基因组数据类型包括体细胞突变，DNA copy-number alterations（CNAs），Mrna和microRNA表达，DNA甲基化，蛋白质富集，磷酸化蛋白富集。打开主页面如下：

检索举例

网站左侧第一列是Query，我们从下面的“Select Studies for Visualization & Analysis”中选择自己感兴趣的癌种，比如点击Bowel，其后面的数字10表示肠癌中有10个相关的Study，而我们需要进一步选择Study，选择Study时主要根据肿瘤的病理类型，同时兼顾每个Study右侧的sample个数及该研究所包含的数据类型来选择。我们选择下图中的Metastatuc colonectal cancer这个项目，可以看到该研究中有1134例患者。

然后选择最下面的Explore selected studies选项，就可以得到该研究的详细信息，在Summary这个项目下main包括总生存期、突变信息、突变基因等。Clinical data中是患者的详细信息介绍，比如性别、年龄、样本类型等。如果对哪些患者的数据感兴趣还可以选择后对这些感兴趣的数据进行下载。

如果上一步选择最下面的Query by gene选项，则得到下面的网页。选择需要分析的数据类型。这里的数据类型往往包括以下几种：Mutations（点突变和）、Putative copy-number alterations （拷贝数变异）、mRNA 表达。

在“Enter Genes”里面输入你要分析的基因，就可以进行检索。输入基因的名字后网站会对基因名字进行核对，如果名字输入错误会有提示，如果输入正确则会出现绿框提示基因名字有效，点击“Submit Query”即可开始分析，得到分析结果。cBioPortal强大无比的分析功能了，几乎包含了多组学研究中能够实现的所有分析功能，包括OncoPrint（基因突变图谱）、Cancer Types Summary（泛癌种基因突变汇总）、Plots（分析拷贝数变异与基因突变或者基因表达的相关性）、Mutations（基因突变列表、功能及蛋白3D结构）、Co-expression（基因共表达分析）、Enrichments（基因突变互作/互斥分析）、Survival（生存分析）、CN Segments（拷贝数分析）、Network（共表达网络）等多种分析结果。