Integrated   /ˈɪntɪɡreɪtɪd/

释    义   adj. (integrate) 综合的，相互协调的；（团体等）废止隔离的；整合好的；（温度等）平均值的

               v. (integrate) 整合，使成整体（integrate 的过去式和过去分词）

例    句   The committee integrated some of the suggestions into its plan. 该委员会将部分建议纳入了其计划。

Mutation   英 /mjuːˈteɪʃn/   美 /mjuːˈteɪʃn/

释    义   n. [遗] 突变；变化；元音变化

例    句   But researchers suspect a mutation in one gene allows some people to skip the process of forming fingerprints during development. 但是研究者猜想，有一个基因突变使得有些人在生长发育的过程中，跳过指纹的形成过程。

Profiling   英 /ˈprəʊfaɪlɪŋ/   美 /ˈproʊfaɪlɪŋ/

释    义   n. （有关人或事物的）资料收集，剖析研究

例    句   As with any optimization, only implement this after profiling and benchmarking have proven you have a real problem. 与任何优化一样，只在剖析和基准测试证明您具有实际的问题之后才实现这一点。

Actionable   英 /ˈækʃənəbl/   美 /ˈækʃənəbl/

释    义   adj. 可控告的；可提起诉讼的

例    句   In all measurements used to generate the results above, the Actionable Event filter returned true for one in every 1000 events, so one action was generated for every 1000 events processed. 在以上所有用来生成结果的度量数据中，Actionable Event 过滤器在每处理1000个事件返回1个true，因此每处理1000个事件将生成1个动作。

概述

IMPACT是纪念斯隆凯特琳癌症研究中心（MSK）开发的癌症基因检测分析平台。MSK-IMPACTTM是一种基于NGS panel的杂交捕获技术，可快速检测与癌症相关的468个独特基因上的所有蛋白质编码突变、拷贝数变异、启动子突变以及结构重排。不同于常规检测，MSK-IMPACTTM适用于任何肿瘤类型。这是一个更加全面的癌症测序技术，可以在多种癌症中识别更多数量的基因突变（生物标志物）。

MSK-IMPACT是一个灵活、全面的癌症基因检测平台，适用于多达63种实体肿瘤类型，其检测样本来源于实体瘤患者人群，经过福尔马林固定的石蜡包埋的肿瘤组织样本。该产品对一份样本中的468个基因同时进行检测，通过比较患者正常组织和肿瘤组织的基因序列，判断上述468个基因是否发生了突变，并据此全面评估肿瘤患者是否具备治疗的条件。2017年，美国FDA正式批准了MSK-IMPACTTM用于肿瘤基因检测。这是NGS首个经FDA批准用于癌症基因检测的panel。基于NGS的多基因检测平台可以最高效来使用样本资源，MSK-IMPACTTM的获批为癌症分析平台的发展铺平了道路。

工作流程

患者首先要签订肿瘤与正常序列配对分析的知情同意书，然后研究人员收集患者的血液样本作为正常DNA的来源，利用自动化的方法来提取肿瘤和血液样本的DNA，并使用靶向基因的所有编码外显子的杂交探针来制备文库，随后是测序、数据分析。所生成的数据结果加载到开发的基因变异数据库中，并手动检测数据的质量和精度。基因组变化会在电子病历报告中显示，并被发送到机构开发的数据库中，这有利于自动化临床试验匹配，变异数据还会自动上传到cBioPortal中进行挖掘以及解读。

基本信息

用途：多癌种临床病理诊断。

检测范围：从468个基因的6284个外显子中检测体细胞突变（SNV）、小的插入缺失（Indel）微卫星突变等。

测序方法：二代测序（NGS），基于Illumina HiSeq 2500测序仪平台，针对肿瘤患者的FFPE（福尔马林固定的石蜡包埋肿瘤组织）样本和正常样本。

分析方法：在生物信息分析方法中，重点之一是对于检测到的基因突变的过滤和注释。

临床评估：MSK-IMPACT的468基因Panel与癌症发病机制、肿瘤抑制机理或癌症患者管理中的相关临床信息或医疗机械有关。该检测方法的报告分两类突变：“具有临床意义证据的癌症突变”和“具有潜在临床意义的癌症突变”符合预期临床用途。具有临床意义证据的基因突变已写入医疗专家制定的指南中。

覆盖度：对于433个样本的覆盖度，96.5%的样本符合≥200X的标准。

检出率：对于已知突变的433个样本，432个样本被成功检测出（另一个被错误过滤，过滤算法已修正）。

热点检测一致性：对于10个基因内的33个热点（hotspot）的准确性，检测95个样本33个位置的MSK-IMPACT结果的与单一正交方法所获得的结果进行比较。109个突变和3026个野生型的变异水平一致性（PPA和NPA）为100%，双侧95％置信区间为（96.7%，100.0%）。