Oncomine

释    义   n. oncomine网站

例    句   The messenger RNA (mRNA) levels and diagnostic value of PLCE1 were determined by real-time polymerase chain reaction and online databases GEPIA, oncomine, and GSE14520 data set. 通过实时定量PCR和在线数据库GEPIA、oncomine和GSE14520数据集检测PLCE1的mRNA表达水平和诊断价值。

概述

Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台，旨在挖掘癌症基因信息。Oncomine 拥有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息，可用于发现新的生物标记物或新的治疗靶点。Oncomine 整合了GEO、TCGA和已发表的文献来源的RNA和DNA-seq数据。通过Oncomine，可以进行差异表达分析，共表达分析，查找某种癌症中差异表达的基因，确定目的基因，确定研究方向。网址是https://www.oncomine.org/resource/login.html。到目前为止，该数据库已经收集了715个基因表达数据集，86733个癌症组织和正常组织的样本数据。Oncomine拥有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息，可利于发现新的生物标记物或新的治疗靶点。

应用

用于分析基因表达差异、预测共表达基因等并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进行分类，还可限定分泌型、激酶、膜型等参数，也可以依据已知的基因-药物分析寻找可能的分子标记物与治疗靶点。

具体如下：1、差异分析：分析单个基因在特定癌症中的差异表达、分析单个基因在多个癌症中的差异表达、分析多个基因在特定癌症中的差异表达、分析特定癌症中差异表达。2、共表达分析：获取单个基因在特定癌症中的共表达基因。3、outlier分析：分析特定癌症部分样本中异常表达基因。4、concept分析：分析特定基因集在特定癌症中的表达。5、差异分析、meta分析和concept分析结合筛选药物靶点、与GEO数据库结合进行个性化分析。

账号申请

需要非营利机构邮箱，比如大学或研究机构，免费使用可满足一般需求。

使用介绍

登录Oncomine之后，可以看到左边有一个搜索框和筛选目录（filter）。当本身已有候选基因时，可以在搜索框中输入基因名去检索，没有就留着。下边的筛选目录分好几个层次，包括Primary Filters，Sample Filters，Dataset Filters，Concept Filters。Primary Filters可选择分析类型、数据集、数据来源、癌种等。还可以再点开子目录。下边的Sample Filters则是对临床相关的信息做出分类，如肿瘤来源部位、治疗应答情况、复发、生存等等。Dataset Filters可以选择数据类型（DNA或mRNA）、数据集名称、大小、测序平台等等。Concept Filter分析特定基因集在特定癌症中的表达。

应用举例

用Oncomine查询EGFR在肿瘤中的差异表达情况（cancer VS normal）。筛选条件：P-value：1E-5；Fold Change：3；GENE Rank：Top10%；DATA TYPE：mRNA。

首选在搜索框中输入EGFR，然后按要求选择Filters。Filter目录中，Primary Filters → Differential Analysis → Cancer vs. Normal Analysis。还有下方的Dataset Filters → Data Type → mRNA。选上的Filters就会出现在上边selected板块，想改变的化还可以点旁边的 x 删掉。然后看页面最右边，找到Other Views，选中Gene Summary View。在上方还有一个筛选条，再根据题目要求选上相应的P值、变化倍率、Gene Rank。这样就可看到展示EGFR在肿瘤中Cancer vs. Normal的差异表达情况。

与TCGA异同

在应用方面，两者相似，主要是两方面。一方面是在没有前期工作基础的时候，从数据库中挖掘筛选出候选分子作为今后的研究方向，这方面适合初学者尝试写个小文章。另一方面，是在自己做过高通量筛选拿到靶分子的情况下，利用数据库来分析它们在肿瘤中的表达情况，跟临床生存、预后的相关性，为自己的研究提供更多的论据；同时也是为将来的机制研究多做点评估，如果你的实验中有差异的分子在别人的实验中也有差异，相对来说风险就小一些。

Oncomine和TCGA相比的优势就是，它除了数据，还提供了一些简洁易操作的分析工具，如差异表达分析、共表达分析等，分析后可以直接出图用在文章里。另外它还整合了TCGA和GEO的部分数据。缺点是，免费版的数据不能下载。TCGA的优点就是维度较高，层次很丰富，缺点就是不提供分析工具。