肿瘤
词汇介绍
拓展阅读
解析
Amplification 英 /ˌæmplɪfɪˈkeɪʃn/ 美 /ˌæmplɪfɪˈkeɪʃn/
释 义 n. [电子] 放大(率);扩大;详述
同根词 amplifier n. [电子] 放大器,扩大器;扩音器
amplify vi. 详述
amplify vt. 放大,扩大;增强;详述
例 句 And the power amplifier can realize accurately tracking and amplification for AC signals with frequency range up to 1000Hz. 功率放大器可以实现交流信号的准确跟踪和放大,输出频率范围可达1000赫兹。
Refractory 英 /rɪˈfræktəri/ 美 /rɪˈfræktəri/
释 义 adj. 难治的;难熔的;不听话的
n. 倔强的人;耐火物质
同根词 refractoriness n. 耐火性;耐熔性;不应性
例 句 The question is, how is some of this converted into refractory compounds? 但问题是,部分溶解有机物是如何转化成难熔化合物的。
Mutation 英 /mjuːˈteɪʃn/ 美 /mjuːˈteɪʃ(ə)n/
释 义 n. 突变;变化;元音变化
同根词 mutant adj. 突变的
mutagenic adj. 诱变的;致突变的
mutational adj.突变的
mutative adj. 变化的;生物突变的
mutant n. 突变体;突变异种
mutability n. 易变性;性情不定;突变性
mutagen n. 诱导有机体突变的物质
mutagenesis n. 突变形成;变异发生
mutate vi. 变化,产生突变
mutate vt. 改变,使突变
例 句 It is to be investigated whether this mutation is associated with virulence. 此变异是否与病毒的毒力有关尚待进一步研究。
System 英 /ˈsɪstəm/ 美 /ˈsɪstəm/
释 义 n. 制度,体制;系统;方法
例 句 They have a support system of these all around from one base to another. 他们有一个支持系统,这些都从一个基站周围到另一个。
概述
概述
聚合酶链式反应是一项体外扩增技术,由于灵敏度高、特异性强等优势,其应用已给整个核酸研究领域带来了一场革命。结合PCR技术所进行的限制性片段长度多态性分析法已成为检测DNA分子碱基变化的常用方法。但是,能检测点突变的方法仍主要依赖于RNase错配切割分析、特异性等位基因寡核苷酸探针杂交等技术,它们需特殊性标记(放射性标记等)或昂贵的仪器,技术要求高,操作繁杂。
为克服这些不足,1989年由科学家在PCR的基础上,建立了扩增阻滞突变系统(ARMS)。在一定条件下PCR引物3’末端的错配导致产物的急剧减少,针对不同的已知突变,设计适当的引物可以通过PCR方法直接达到区分突变型和野生型基因的目的。
ARMS技术针对引物3’端进行等位基因特异性的区分,两种引物形式:normal野生型引物,扩增时会被突变的模板阻滞;mutant突变型引物,扩增时会被野生型模板阻滞。该系统一建立,立即受到了人们的广泛关注,并迅速得到应用。
原理
ARMS由PCR发展而来,DNA聚合酶缺乏3’-5’外切酶活性,如果引物的3’末端碱基不能与靶DNA正确互补配对,那么靶DNA就不能被有效地扩增。因此,也有人称此系统为等位特异性PCR。典型的ARMS过程包含两个PCR扩增反应,引物有两对。它们的3’端不同,一对引物只能与“正常”靶DNA互补,另一对引物只能与“异常”靶DNA互补。
特点
ARMS技术具有高特异性:由于ARMS所用的引物是从一段序列3’末端及其附近人为的加入错配的突变位点的一套引物组合中,通过筛选出来的能够区分单个位点等位基因的引物,就保证了其高度的特异性。
ARMS技术具有高灵敏度:检测限可以达到100拷贝/mL,对肿瘤组织检测限可以达到0.5%的突变率。ARMS检测时耗短,成本低,结果直观好判断。ARMS结合qPCR或者电泳技术,均只需进行一次PCR反应,时耗短。且仅需要优化上游引物即可,成本低且结果直观好判读。
应用
鉴定杂合子和纯合子:样本经过ARMS扩增后经过电泳、溴乙锭染色,分析带形即可确定。正常样本只能进行正常引物的扩增,异常样本只能进行异常引物的扩增,而正常/异常杂合体两种扩增反应都可以进行。基于此可以鉴定杂合子和纯合子。
肿瘤靶向用药检测:通过ARMS-PCR检测出患者的靶向突变,从而指导靶向用药。肿瘤早筛检测:通过ARMS-PCR检测设计位点少的早筛检测产品。
举例
现在有两名女性肺腺癌患者,检测EGFR L858R突变后使用吉非替尼半年,现在想看看是否耐药,需针对EGFR T790M突变进行检测。我们采用ARMS-PCR方法进行检测,首先设计一对针对T790M突变位点的特异性引物,外加一条TaqMan探针,然后加上mix混匀上qPCR检测即可。
qPCR检测结果参考内参基因进行解读,通过baseline划线之后,确定产物ct值与内参基因ct值的大小,如果ct值比内参ct值小,即是没有T790M突变,则为野生型,对吉非替尼还是敏感的。如果ct值比内参ct值大,即是T790M突变,则为突变型,对吉非替尼耐药,可使用AZD9291。
重叠探针辅助核酸酶辅助次要等位基因富集辅助扩增-难治性突变系统: 液体活检扩增-难治性突变系统-聚合酶链反应特异性的改进方法
发表时间:2019-10-15
影响指数:6.4
作者: Athina Markou
期刊:Anal. Chem.
Allele-specific polymerase chain reaction (PCR) (amplification-refractory mutation system, ARMS) is one of the most commonly used methods for mutation detection. However, a main limitation of ARMS-PCR is the false positive results obtained due to nonspecific priming that can take place with wild-type (WT) DNA, which often precludes detection of low-level mutations. To improve the analytical specificity of ARMS, we present here a new technology, NAPA: NaME-PrO-assisted ARMS, that overcomes the ARMS deficiency by adding a brief enzymatic step that reduces wild-type alleles just prior to ARMS. We performed this technology for the simultaneous detection of two hot-spot PIK3CA mutations (E545 K and H1047R) in circulating tumor cells (CTCs) and cell free DNA (cfDNA). The developed protocol could simultaneously detect mutation-allelic-frequency of 0.5% for PIK3CA exon 9 (E545 K) and 0.1% for PIK3CA exon 20 (H1047R) with high specificity. We further compared the developed NAPA assay with (a) ddPCR considered as the gold standard and (b) our previous assay based on the combination of allele-specific, asymmetric rapid PCR, and melting analysis. Our data show that the newly developed NAPA assay gives consistent results with both these assays (p = 0.001).
译文