摘要

Accumulation
 and selection of somatic mutations in a Darwinian framework result in 
intra-tumor heterogeneity (ITH) that poses significant challenges to the
 diagnosis and clinical therapy of cancer. Identification of the tumor 
cell populations (clones) and reconstruction of their evolutionary 
relationship can elucidate this heterogeneity. Recently developed 
single-cell DNA sequencing (SCS) technologies promise to resolve ITH to a
 single-cell level. 译达尔文框架中的体细胞突变的积累和选择导致了肿瘤内的异质性(ITH),这对肿瘤的诊断和临床治疗提出了重大挑战。肿瘤细胞群(克隆)的鉴定及其进化关系的重建可以阐明这种异质性。最近发展起来的单细胞DNA测序(SCS)技术有望将ITH解析到单细胞水平。
 


	
 


	However,
 technical errors in SCS data sets, including false-positives (FP) and 
false-negatives (FN) due to allelic dropout, and cell doublets, 
significantly complicate these tasks. Here, we propose a nonparametric 
Bayesian method that reconstructs the clonal populations as clusters of 
single cells, genotypes of each clone, and the evolutionary relationship
 between the clones. It employs a tree-structured Chinese restaurant 
process as the prior on the number and composition of clonal 
populations. 译然而,SCS数据集中的技术错误,包括等位基因丢失引起的假阳性(FP)和假阴性(FN)以及细胞加倍,使这些任务变得非常复杂。在这里,我们提出了一种非参数贝叶斯方法,将克隆群体重构为单个细胞簇、每个克隆的基因型以及克隆之间的进化关系。它采用树型结构的中餐馆过程作为克隆种群数量和组成的先验。
 


	
 


	The
 evolution of the clonal populations is modeled by a clonal phylogeny 
and a finite-site model of evolution to account for potential mutation 
recurrence and losses. We probabilistically account for FP and FN 
errors, and cell doublets are modeled by employing a Beta-binomial 
distribution. We develop a Gibbs sampling algorithm comprising partial 
reversible-jump and partial Metropolis-Hastings updates to explore the 
joint posterior space of all parameters. 译克隆种群的进化由克隆系统发育和有限进化位点模型来模拟,以考虑潜在的突变复发和丢失。我们概率地考虑了FP和FN误差,并采用β二项分布对细胞加倍进行了建模。我们发展了一个包含部分可逆跳跃和部分Metropolis-Hastings更新的Gibbs抽样算法来探索所有参数的联合后验空间。

译文

达尔文框架中的体细胞突变的积累和选择导致了肿瘤内的异质性(ITH),这对肿瘤的诊断和临床治疗提出了重大挑战。肿瘤细胞群(克隆)的鉴定及其进化关系的重建可以阐明这种异质性。最近发展起来的单细胞DNA测序(SCS)技术有望将ITH解析到单细胞水平。

然而,SCS数据集中的技术错误,包括等位基因丢失引起的假阳性(FP)和假阴性(FN)以及细胞加倍,使这些任务变得非常复杂。在这里,我们提出了一种非参数贝叶斯方法,将克隆群体重构为单个细胞簇、每个克隆的基因型以及克隆之间的进化关系。它采用树型结构的中餐馆过程作为克隆种群数量和组成的先验。

克隆种群的进化由克隆系统发育和有限进化位点模型来模拟,以考虑潜在的突变复发和丢失。我们概率地考虑了FP和FN误差,并采用β二项分布对细胞加倍进行了建模。我们发展了一个包含部分可逆跳跃和部分Metropolis-Hastings更新的Gibbs抽样算法来探索所有参数的联合后验空间。

binomial distribution

肾内泌尿 统计学 临床研究术语
概述  :  

在随机现象中,最简单的是只有两个可能结果的随机现象。如接受治疗后的结果是有效、还是无效;手术后是生存,还是死亡。对这类问题的研究,不仅要确定2个可能出现的随机事件的概率,有时还要计算在独立、重复地进行N次观察时,某一事件出现k次的概率。   早期的统计学家对这类问题进行了研究,并总结出离散型随机变量中最常见的分布-二项分布。假设某个试验是伯努利试验,其成功概率用p表示,那么失败的概率为q=1-p。进行n次这样的试验,成功了x次,则失败次数为n-

Binomial   英 /baɪˈnəʊmiəl/   美 /baɪˈnoʊmiəl/

释    义   adj. 二项式的;双名的,二种名称的

               n. 二项式;双名词组,二种名称;成对词

例    句   If you follow through from the independent theory, there's one of the basic relations in probability theory--it's called the binomial distribution. 根据独立理论,概率论中有一个基本关系,叫做二项分布。

 

Distribution   英 /ˌdɪstrɪˈbjuːʃn/   美 /ˌdɪstrɪˈbjuːʃn/

释    义   n. 分布;分配;供应

同根词   distributed adj. 分布式的,分散式的

               distributive adj. 分配的;分布的;分发的

               distributional adj. 分配的;分发的

               distributively adv. 分配地;分发地;

               distributor n. 经销商;[电] 分配器;分配者;散布者;[电] 配电盘

               distributer n.分销商;分配器

               distributive n. [语] 分配词

               distribute vt. 分配;散布;分开;把…分类

例    句   They were then given another $2, which they could give either to the person directly above or below them in the distribution. 然后他们又被给予了2美元,这笔钱他们可以直接给予在分配中比自己高或者低的人。

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