神经
词汇介绍
拓展阅读
解析
open 英 [ˈəʊpən] 美 [ˈoʊpə n]
释 义 adj. 公开的;敞开的;空旷的;坦率的;营业着的
vi. 开始;展现
vt. 公开;打开
n. 公开;空旷;户外
同根词 opening adj. 开始的
opening n. 开始;机会;通路;空缺的职位
openness n. 公开;宽阔;率真
opening v. 开放(open的ing形式);打开;公开
例 句 The hotel is now open to guests. 这个旅馆现在已向客人开放。
reading 英 [ˈriːdɪŋ] 美 [ˈriːdɪŋ]
释 义 n. 阅读,朗读;读物;读数[ 复数 readings ]
adj. 阅读的
v. 阅读(read的ing形式)
例 句 He thought no harm in reading that novel. 他觉得读那本小说没什么害处。
frame 英 [freɪm] 美 [freɪm]
释 义 n. 框架;结构;[电影] 画面
vt. 设计;建造;陷害;使…适合
vi. 有成功希望
adj. 有木架的;有构架的
例 句 We frame up that picture. 我们把那幅画装入框架。
概述
概述
开放阅读框(ORF)的搜索对于基因识别与定位具有重要的意义,一般认为以DNA序列的ATG为起始密码子,以TAA、TGA或TAG为终止密码子所夹区域为一个ORF,一些软件仅仅按照这条定律设计ORF搜索功能,但是蛋氨酸在编码序列内部也经常出现,即ATG并不一定是ORF的起始标志。因此,有必要应用其他方法找到5’端非编码区的末端,WONDERFUL生物信息学系统引入了长度限制及Kozak序列两种方法以进一步确定ORF。因为较短的ORF一般不会成为真正的编码序列,用300bp长度加以限制将会取得较高的准确率。所谓Kozak序列,是指ATG附近的核酸序列中含有ANNATGN和GNNATGPT两种片段的利用率最高,而没有起始功能ATG附近的核酸序列则无此保守性。
从基因组DNA序列中预测新ORF
从基因组DNA序列中预测得到的ORF,有可能是某未知基因的序列。关于ORF的预测详细的介绍,此处不再重复。由于采用不同的算法或软件可能会得到完全不同的结果,在多种算法不断出现的情况下,目前尚无哪种算法是绝对正确的,因此有时需对多种算法和软件的预测结果进行综合分析和判断。另外,目前序列数据大都来自DDBJ/EMBL/GenBank等国际序列数据库,这些数据库主要基于实验数据,需考虑实验中可能会受到污染EST、污染基因组DNA等问题的干扰。对于理论预测的结果,还需要通过实验来证实。
全球定量研究揭示了跨真菌王国的起始密码子上下文的差异翻译控制
发表时间:2020-03-18
影响指数:11.1
作者: Edward WJ Wallace
期刊:Nucleic Acids Res
Eukaryotic protein synthesis generally initiates at a start codon defined by an AUG and its surrounding Kozak sequence context, but the quantitative importance of this context in different species is unclear. We tested this concept in two pathogenic Cryptococcus yeast species by genome-wide mapping of translation and of mRNA 5' and 3' ends. We observed thousands of AUG-initiated upstream open reading frames (uORFs) that are a major contributor to translation repression. uORF use depends on the Kozak sequence context of its start codon, and uORFs with strong contexts promote nonsense-mediated mRNA decay. Transcript leaders in Cryptococcus and other fungi are substantially longer and more AUG-dense than in Saccharomyces. Numerous Cryptococcus mRNAs encode predicted dual-localized proteins, including many aminoacyl-tRNA synthetases, in which a leaky AUG start codon is followed by a strong Kozak context in-frame AUG, separated by mitochondrial-targeting sequence. Analysis of other fungal species shows that such dual-localization is also predicted to be common in the ascomycete mould, Neurospora crassa.
译文