首页 > 医学词汇大全 > Open Reading Frame(ORF)
Open Reading Frame(ORF)

神经

关键词神经 临床研究术语 基因

词汇介绍

拓展阅读

解析

open   英 [ˈəʊpən]  美 [ˈoʊpə n]

释    义   adj. 公开的;敞开的;空旷的;坦率的;营业着的

vi. 开始;展现

vt. 公开;打开

n. 公开;空旷;户外

同根词   opening adj. 开始的

opening n. 开始;机会;通路;空缺的职位

openness n. 公开;宽阔;率真

opening v. 开放(open的ing形式);打开;公开

例    句   The hotel is now open to guests. 这个旅馆现在已向客人开放。

 

reading    英 [ˈriːdɪŋ]  美 [ˈriːdɪŋ]

释    义   n. 阅读,朗读;读物;读数[ 复数 readings ]

adj. 阅读的

v. 阅读(read的ing形式)

例    句   He thought no harm in reading that novel. 他觉得读那本小说没什么害处。

 

frame   英 [freɪm]  美 [freɪm]

释    义   n. 框架;结构;[电影] 画面 

vt. 设计;建造;陷害;使…适合

vi. 有成功希望  

adj. 有木架的;有构架的

例    句   We frame up that picture. 我们把那幅画装入框架。

概述

概述


开放阅读框ORF的搜索对于基因识别与定位具有重要的意义,一般认为以DNA序列的ATG为起始密码子,以TAATGATAG为终止密码子所夹区域为一个ORF,一些软件仅仅按照这条定律设计ORF搜索功能,但是蛋氨酸在编码序列内部也经常出现,即ATG并不一定是ORF的起始标志。因此,有必要应用其他方法找到5’端非编码区的末端WONDERFUL生物信息学系统引入了长度限制及Kozak序列两种方法以进一步确定ORF。因为较短的ORF一般不会成为真正的编码序列,用300bp长度加以限制将会取得较高的准确率。所谓Kozak序列,是指ATG附近的核酸序列中含有ANNATGNGNNATGPT两种片段的利用率最高,而没有起始功能ATG附近的核酸序列则无此保守性。


从基因组DNA序列中预测新ORF


从基因组DNA序列中预测得到的ORF,有可能是某未知基因的序列。关于ORF的预测详细的介绍,此处不再重复。由于采用不同的算法或软件可能会得到完全不同的结果,在多种算法不断出现的情况下,目前尚无哪种算法是绝对正确的,因此有时需对多种算法和软件的预测结果进行综合分析和判断。另外,目前序列数据大都来自DDBJ/EMBL/GenBank等国际序列数据库,这些数据库主要基于实验数据,需考虑实验中可能会受到污染EST、污染基因组DNA等问题的干扰。对于理论预测的结果,还需要通过实验来证实。

Quantitative global studies reveal differential translational control by start codon context across the fungal kingdom复制标题

全球定量研究揭示了跨真菌王国的起始密码子上下文的差异翻译控制

发表时间:2020-03-18

影响指数:11.1

作者: Edward WJ Wallace

期刊:Nucleic Acids Res

Eukaryotic protein synthesis generally initiates at a start codon defined by an AUG and its surrounding Kozak sequence context, but the quantitative importance of this context in different species is unclear. We tested this concept in two pathogenic Cryptococcus yeast species by genome-wide mapping of translation and of mRNA 5' and 3' ends. We observed thousands of AUG-initiated upstream open reading frames (uORFs) that are a major contributor to translation repression. uORF use depends on the Kozak sequence context of its start codon, and uORFs with strong contexts promote nonsense-mediated mRNA decay. Transcript leaders in Cryptococcus and other fungi are substantially longer and more AUG-dense than in Saccharomyces. Numerous Cryptococcus mRNAs encode predicted dual-localized proteins, including many aminoacyl-tRNA synthetases, in which a leaky AUG start codon is followed by a strong Kozak context in-frame AUG, separated by mitochondrial-targeting sequence. Analysis of other fungal species shows that such dual-localization is also predicted to be common in the ascomycete mould, Neurospora crassa.

译文

真核生物蛋白质合成通常是在由AUG及其周围Kozak序列上下文定义的起始密码子处开始的,但这种上下文在不同物种中的数量重要性尚不清楚。我们在两种致病性隐球菌酵母菌中通过全基因组翻译和mRNA 5'和3'末端的定位来测试这一概念。我们观察到数以千计的AUG启动的上游开放阅读框架(uORFs)是翻译抑制的主要因素。uORF的使用依赖于其起始密码子的Kozak序列上下文,而具有强上下文的uORF促进无义介导的mRNA衰变。隐球菌和其他真菌中的转录先导比酵母菌中的转录先导要长得多。许多隐球菌mRNAs编码预测的双定位蛋白,包括许多氨基酰tRNA合成酶,其中一个泄漏的AUG起始密码子在AUG框架中后跟一个强Kozak上下文,由线粒体靶向序列分离。对其它真菌种类的分析表明,这种双重定位在子囊菌霉菌中也很常见。

+1
+2
100研值 100研值 ¥99课程
检索文献一次
下载文献一次

去下载>

成功解锁2个技能,为你点赞

《SCI写作十大必备语法》
解决你的SCI语法难题!

技能熟练度+1

视频课《玩转文献检索》
让你成为检索达人!

恭喜完成新手挑战

手机微信扫一扫,添加好友领取

免费领《Endnote文献管理工具+教程》

微信扫码, 免费领取

手机登录

获取验证码
登录