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Complementary Deoxyribonucleic Acid(cDNA)

神经

关键词神经 临床研究术语 基因

词汇介绍

拓展阅读

解析

complementary    英 [ˌkɒmplɪˈmentri]  美 [ˌkɑːmplɪˈmentri]

释    义    adj. 补足的;互补的;补充医学的;辅助性的;互补色的;余角的

同根词    complemental adj. 补足的;补充的;补偿的

complement n. 补语;余角;补足物 

例    句    I think they are very complementary. 我想他们是非常互补的。


deoxyribonucleic    英 [di:'ɔksi,raibəu'nju:kli:ik]  

释    义    adj. 脱氧核糖核的

例    句    We have explored causes of the variation of deoxyribonucleic acid: It is probable that chemical reactions give rise to the variation or that physical interactions give rise to the variation. 我们探索脱氧核糖核酸分子变异的原因:它可能由化学反应引起;也可能由物理作用引起。而物理作用引起的变异表现得更明显。

 

acid    英 [ˈæsɪd]  美 [ˈæsɪd]

释    义    n. 酸

adj. 酸的;讽刺的;刻薄的

例    句    Roses will not root in such acid soil. 玫瑰在这种酸性土壤中不会生根。

概述

概述


cDNA文库的构建概述cDNA,也称为互补脱氧核糖核酸,是指包含种生物体所有基因编码的cDNA分子的克隆它是以信使RNAmRNA为模板在逆转录酶的催化作用下形成的互补cDNA。之后将其与适当的载体连接后转化为受体菌每个细菌含有一段cDNA并能繁殖扩增这样包含着细胞全部mRNA信息的互补DNAcDNA克隆集合即称为该组织细胞的cDNA文库。


构建过程


20世纪70年代中叶首例cDNA克隆问世以来已发展了许多种提高cDNA合成效率的方法并极大地改进了载体系统目前cDNA成试剂已商品化。cDNA文库的构建包括5阶段分别是mRNA的分离和纯化2cDNA双链的合成cDNA的甲基化cDNA与载体连接噬菌体的包装、转染及质粒DNA的转化。


构建方法


1mRNA的分离和纯化实验原理真核生物mRNA的提取一般有两条途径一条是先提取多聚核糖体再将蛋白质与mRNA分开即利用抗原抗体的反应将含量极微的、特异的mRNA提取出来。另外一条是提取细胞总RNA,然后利用寡聚脱氧胸腺嘧啶核苷酸纤维素柱层析或磁捕获杂交法把mRNA与其他的RNA,如与转运RNA,核糖体RNA等分开。


2mRNA的分离和纯化方法纤维素柱层析法磁捕获杂交法。

RNA proximity sequencing data and analysis pipeline from a human neuroblastoma nuclear transcriptome复制标题

来自人神经母细胞瘤核转录组的RNA接近测序数据和分析管道

发表时间:2020-01-28

影响指数:5.9

作者: StevenW Wingett

期刊:Sci Data

We have previously developed and described a method for measuring RNA co-locations within cells, called Proximity RNA-seq, which promises insights into RNA expression, processing, storage and translation. Here, we describe transcriptome-wide proximity RNA-seq datasets obtained from human neuroblastoma SH-SY5Y cell nuclei. To aid future users of this method, we also describe and release our analysis pipeline, CloseCall, which maps cDNA to a custom transcript annotation and allocates cDNA-linked barcodes to barcode groups.

译文

我们以前已经开发并描述了一种测量细胞内RNA共定位的方法,称为接近RNA SEQ,它有望深入了解RNA的表达、加工、储存和翻译。在这里,我们描述从人类神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞核获得的转录组宽接近RNA SEQ数据集。为了帮助这种方法的未来用户,我们还描述并发布了我们的分析管道CloseCall,它将cDNA映射到自定义的转录注释,并将cDNA链接的条形码分配给条形码组。 CloseCall然后对数据进行Monte Carlo模拟,以识别成对的转录本,这些转录本在偶然情况下比预期的更频繁地被联合编码。此外,派生的共同条形码频率的个别转录,配价,作为代理的RNA密度或连接性为给定的转录本。我们概述了如何将此管道应用于这些排序数据集,并公开共享已处理的数据输出和对运行CloseCall的虚拟机的访问。得到的数据详细说明了RNAs的空间结构,并为RNAs之间潜在的调控关系建立了假设。

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