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single cell sequencing

心血管

关键词心血管 实验技术 在单细胞水平上对基因组进行高通量测序分析

词汇介绍

拓展阅读

解析

single /ˈsɪŋɡl/

释    义   adj. 单一的;单身的;单程的

同根词   singly adv 逐一地;个别地;各自地;直截了当地

singleness n 单一;独身;真诚;专心

singularize vt 使显著;使单一化;使成为唯一;使成为单数

例    句   The graduate student ploughed through hundreds of pages of material to unearth a single fact. 为了找一个简单的事实,这位硕士研究生费力地查阅了数百页的资料

 

sequencing /ˈsiːkwənsɪŋ/

释    义   n. [计] 排序;[计] 定序;排列程序

同根词   sequential adj 连续的;相继的;有顺序的

Sequent adj 连续的;其次的;作为结果而产生的

Sequent n 结果;相继发生的事

Sequencer n 程序装置,[计] 定序器

例    句   If the ordering of messages is important to your application, you need to add sequencing data to each message. 如果消息的次序对于您的应用程序很重要,就需要在每个消息中添加序列数据。

概述

实验原理 单细胞测序技术是一项能够在单个细胞的水平上,对基因组进行高通量测序分析的技术。该技术不仅能够用于分析相同性状细胞的遗传异质性,还能用于获取难以培养微生物的遗传信息。目前,单细胞测序技术已经初步应用到了海洋微生物多样性以及癌症患者体细胞突变多样性的研究中。我国在单细胞测序领域处于国际领先水平,深圳华大基因率先建立了单细胞外显子组测序技术,应用于骨髓增殖性肿瘤和肾透明细胞癌的研究中,在单个细胞的水平上解析了瘤内细胞遗传异质性,为癌症的发生发展机制及诊断治疗开辟了新方

Rare Cell Detection by Single-Cell RNA Sequencing as Guided by Single-Molecule RNA FISH复制标题

以单分子RNA FISH为指导的单细胞RNA测序稀有细胞检测

发表时间:2018-02-28

影响因子:8.6

作者: Eduardo Torre

期刊:Cell Syst

Single-cell RNA sequencing inherently subsamples the transcriptome of each cell because the probability of recovery of any individual transcript is low (typically, only 10% is recovered; Marinov et al., 2014). Moreover, the degree of subsampling is variable between cells. In principle, subsampling could have very different effects on the interpretation of expression variability from cell to cell depending on the expression level and underlying ground truth distribution. This is schematized on Figure 1A, which focuses on three genes, GAPDH, SPP1, and NGFR, and describes their actual expression and apparent expression after single-cell RNA sequencing.

译文

单细胞RNA测序从本质上对每个细胞的转录组进行子采样,因为任何单个转录本的恢复概率都很低(通常只有10%的回收率; Marinov等,2014)。此外,子采样的程度在单元之间是可变的。原则上,二次采样可能对不同细胞之间表达差异的解释产生非常不同的影响,具体取决于表达水平和潜在的地面真相分布。这在图1A上进行了图解,该图集中于三个基因GAPDH,SPP1和NGFR,并描述了它们在单细胞RNA测序后的实际表达和表观表达。 估计的分布都对转录组覆盖率阈值敏感,但是阈值对每个分布的影响是特定于基因表达模式的。例如,高表达的GAPDH相对不受这种子采样的影响:降低转录组覆盖率阈值会增加整个群体中基因表达的明显变异性,并且群体平均值可能会发生变化,但从质量上讲,分布是相似的。 但是,对于其他低表达但无处不在的基因(SPP1),可能会发生质的变化,看起来好像它们仅在稀有细胞中表达。同时,可能根本没有检测到真正很少表达的基因(例如,NGFR)。这个有思想的实验说明了在没有黄金标准的情况下,施加转录组覆盖率阈值进行分析以及从单细胞RNA测序数据推断基因表达的真实分布的挑战。